Snažan imunološki sustav je čvrsto povezan sa zdravom crijevnom mikroflorom. Crijevnu mikrofloru čine milijarde mikroorganizama koji normalno žive u našim crijevima i neophodni su za zdravlje čitavog organizma.

Ove bakterije sudjeluju u probavi hrane, proizvode određene vitamine (npr. vitamin K neophodan u procesu grušanja krvi), štite crijeva od agresivnih supstanci, otežavaju virusima, bakterijama i gljivicama nastanjivanje na sluznici crijeva i uzrokovanje oboljenja, pomažu stanicama imunološkog sustava da ciljano reagiraju te potiču regenaraciju i ishranu crijevne sluznice. Sve ove funkcije se nesmetano odvijaju samo ukoliko su mikroorganizmi u ravnoteži. Na žalost, ta se ravnoteža može vrlo lako poremetiti. Blaži poremećaji se saniraju sami od sebe, ali dugotrajna i jača neravnoteža može dovesti i do težih oboljenja. Tako npr. nepravilna prehrana, nezdrav način života, agresivni uzročnici bolesti, uzimanje određenih lijekova (antibiotici, kortikosteroidi) mogu izazvati i ozbiljnije poremećaje. Tada se u crijevima na račun korisnih bakterija povećava broj štetnih koje opterećuju crijeva, gomilaju štetne produkte metabolizma te uzrokuju upalne procese. Imuno-stanice u crijevnoj sluznici tada više ne rade optimalno i imunitet slabi. Sa poremećenom crijevnom mikroflorom najčešće se povezuju infekcije, alergije, reumatske i kožne bolesti.

Prvi znakovi da je zdrava crijevna mikroflora narušena su: nadutost, vjetrovi, bolovi ili grčevi te stolica intenzivno neugodnog mirisa. Na sreću, postoje određeni preparati kojima se može ubrzati povratak narušene ravnoteže u crijevima. Ukoliko je samo funkcija crijevne sluznice narušena, u preparatima se uzimaju produkti metabolizma bekterija koje normalno nastanjuju crijeva (najčešće E. Coli i mliječno-kiselih bakterija) pa te tvari pomažu uspostavljanju normalne funkcije crijevne sluznice.

Kod težih poremećaja je potrebno u probavni sustav unijeti žive ili oslabljene bakterije (E.Coli, Enterococcus faecalis) koje obnavljaju i uravnotežuju crijevnu floru.

Probiotici (lactobacili i bifido-bakterije) su korisni za jačanje imunološkog sustava i održavanje funkcije crijevne mikroflore, a trebalo bi ih svakodnevno unositi u organizam u obliku prehrambenih proizvoda (jogurt, ab-kultura, acidofil, kefir) ili kao dodatak prehrani u obliku kapsula.

Prebiotici (oligofruktoza, inulin) su neprobavljivi spojevi koji u crijevima povećavaju broj i aktivnost korisnih bakterija, a često se u preparatima kombiniraju s probioticima.